Barva kůže
Jackson byl sice afroamerického původu, jeho kůže ale postupně získávala bílou barvu. Tato skutečnost vyvolala (částí veřejnosti dodnes vedené) spekulace, zda Jackson nepodstoupil bělení kůže, aby získal europoidní vzhled. Podle biografie J. Randyho Taraborrelliho však bylo umělci v roce 1986 diagnostikováno vitiligo, relativně neznámé kožní onemocnění, při kterém dochází k výpadkům pigmentu. Tyto informace potvrdil i Jacksonův osobní dermatolog Dr. Arnold Klein v talk show Larryho Kinga na americké stanici CNN. Jackson kryl příznaky zpočátku tmavým make-upem, s postupným rozvojem choroby ale začal používat make-up světlý a údajně i speciální přípravky na zestejnění zbývajících tmavých skvrn. Nechal si vytvořit tmavé tetování dokreslující obočí a drobné růžové tetování u rtů. Veřejnost o svém onemocnění poprvé informoval v roce 1993 v rozhovoru s Oprah Winfreyovou, ve kterém mimo jiné uvedl, že rozvoj vitiliga byl geneticky podmíněn z otcovy strany rodiny, což později potvrdily i Jacksonovy sestry Janeta a La Toya. V listopadu roku 2009 La Toya sdělila, že poruchu zdědil i Jacksonův starší syn Prince Michael (I), který má skvrny patrné v oblasti rukou a krku. Pitevní zpráva Michaela Jacksona uvádí, že měl zpěvák na těle, hlavně pak na hrudi, břichu, obličeji a pažích v době úmrtí světlé skvrny svědčící o tom, že vitiligem skutečně trpěl.
Plastické operace
První plastickou operaci Jackson podstoupil v roce 1979, když si zlomil nos při taneční zkoušce. Nos si nechal opět upravit v roce 1984 po ošetření popálenin z pyrotechnické nehody, která se přihodila při natáčení reklamního videoklipu (více viz Spolupráce s Pepsi). V roce 1987 si ještě nechal udělat dolíček v bradě. V dokumentu britského novináře Martina Bashira Living with Michael Jackson (více viz Dokumenty) se umělec svěřuje, že v mládí byl jeho vzhled, např. tvar nosu, terčem zvláště otcových zraňujících narážek. Někteří psychologové se domnívají, že Jackson trpěl dysmorfofobií, psychickým stavem, kdy se trpící obává přijetí svého vzhledu okolím. Skutečný počet Jacksonových plastických operací se stal námětem spekulací bulvárních médií.